Pirmoji medinė Seinų bažnyčia iškilo 1602 m., tačiau ji stovėjo kitoje vietoje nei dabartinė. Antrąją, renesanso stiliaus bažnyčią 1610 m. pastatė čia įsikūrę dominikonų vienuoliai. Dabartinį pavidalą Seinų bazilika įgavo po bažnyčios perstatymo 1760 m. Tuo metu pakeista bazilikos orientavimo kryptis (ji padidinta), pastatytas barokinis dvibokštis frontonas, atsuktas į rytų pusę. Dabartinė bazilikos architektūra priskiriama vilnietiškojo baroko stiliui.
Bažnyčioje saugomas Rožės Pliaterytės-Strutinskos, mirusios 1793 m., portretas. 1760–1779 m. ji parėmė Seinų Švč. Mergelės Marijos bazilikos perstatymą Vilniaus baroko stiliumi. Taip pat, bažnyčios fasadas yra dekoruotas Pliaterių herbu.
Bazilikos vidaus interjere vyrauja baroko stilius su rokokiniais puošybos elementais. Dauguma bažnyčios altorių, paveikslų ir vidaus interjero detalių sukurti XVIII a., savo stilistika išsiskiria Švč. Jėzaus Širdies koplyčios neoklasicistinių ir Dievo Motinos koplyčios neorenesansinių formų altoriai. Pats seniausias ir vertingiausias bazilikos meno kūrinys – stebuklingoji atidaroma gotikinė Dievo Motinos statula.
Katedroje bazilikoje palaidotas Antanas Baranauskas (1835 m. Anykščiuose – 1902 m. Seinuose). Nuo 1897 m. jis buvo Seinų vyskupu. 1999 m. A. Baranauskui šventoriuje pastatytas paminklas, skulptorius G. Jokūbonis.
1826–1915 m. ir 1918–1919 m. čia veikė Seinų kunigų seminarija. Dalis seminaristų lietuvių (V. Kudirka, M. Krupavičius, A. Milukas, B. J. Pranaitis, J. Vailokaitis) dalyvavo tautinio atgimimo judėjime. Nuo 1888 m. seminarijoje veikė slaptos lietuvių klierikų organizacijos, klierikai platino lietuvišką spaudą. 1903 m. seminarijoje pirmą kartą skaityta vieša paskaita lietuvių kalba, 1904–1905 m. įvestos lietuvių kalbos paskaitos, 1891–1908 m. klierikai leido rankraštinius lietuvių laikraštėlius. 1905–19 m. Seinai buvo vienas žymiausių (po Vilniaus ir Kauno) lietuvių tautinio, kultūrinio ir politinio veikimo centrų.
Garšva Kazimieras, https://www.vle.lt/straipsnis/seinai
Šinkūnaitė Laima, Kossa Dalicja, Seinų Švč. Mergelės Marijos Apsilankymo bazilika: dailės ikonologija, Kaunas, Vytauto Didžiojo universiteto leidykla, 2012
