Vėlyvojo Renesanso architektūros stiliaus bažnyčia buvo pastatyta 1610–1619 m. Jos steigėjai buvo iš Vilniaus 1602 m. į miestą atvykę dominikonų vienuoliai. Bažnyčią 1632 m. konsekravo vyskupas Jurgis Tiškevičius Švč.Marijos, šv.Jurgio ir šv. Jackaus titulais. 1706 m. prie bažnyčios baigtas statyti vienuolynas.
Ją konsekravo Vilniaus vyskupas pagalbininkas J.Tiškevičius 1632 m. Švč. Marijos, šv. Jurgio ir šv. Jackaus titulais.
1760–1779 m. bažnyčia buvo perstatyta baroko architektūros stiliumi. Pagrindinė bažnyčios perstatymo remėja buvo Rožė Pliaterytė Strutinska. Bažnyčios fasadą dėl šios priežasties dekoruoja Pliaterių herbas. bažnyčią pasikeitė ir jos fasadas, priekinėje dalyje pastatyti du barokiniai bokštai. Šiaurinėje bažnyčios dalyje stovėjusi varpinė buvo nugriauta. Barokinė Vilniaus baroko mokyklos bažnyčia yra plytinė, tinkuota, kryžminio plano ir dėl skirtingos formos pristatytų koplyčių asimetriška. Bažnyčioje yra salė be atskiros presbiterijos. Bažnyčioje yra dvi koplyčios: Jėzaus širdies koplyčia įrengta 1661 m. ir Dievo Motinos koplyčia įrengta 1881 m., kurioje palaidotas Seinų vyskupas, kalbininkas ir rašytojas Antanas Baranauskas. Bažnyčios viduje esantis altorius, paveikslai, indai ir kitos religinės puošmenos yra barokinio stiliaus, daugiausiai iš XVIII a. Bažnyčioje taip pat yra 1907 m. Jono Garalevičiaus pastatyti neobarokinio stiliaus vargonai. 1956 m. kovo 19 d. bažnyčia buvo įtraukta į Palenkės vaivadijos istorinių paminklų sąrašą.
1804 m. Prūsijos karalystės valdymo metu domininkonų vienuolynas buvo panaikintas. Bažnyčia tapo parapijine. 1818 m. bažnyčia tapo Augustavo vyskupystės katedra. Čia buvo įsikūrę Augustavo vyskupijos vyskupas, kurija ir kunigų seminarija. 1908 m. čia veikė lietuvių pradžios mokykla, vėliau tapusi „Žiburio“ gimnazija. Susikūrus Lenkijos ir Lietuvos respublikoms 1925 m. Augustavo vyskupija buvo padalinta į dvi – Vilkaviškio ir Lomžos. Bažnyčia prarado katedros statusą, vyskupų rezidavimo vietomis tapo Vilkaviškis ir Lomža.
Šaltinis: https://lt.wikipedia.org/wiki/Sein%C5%B3_%C5%A0v%C4%8D._Mergel%C4%97s_Marijos_bazilika .