Anapilio sodybos susikūrimo ištakos siekia 1920 m., kai lietuvų katalikų imigrantų būrys Toronte įsteigė Šv. Jono Krikštytojo draugiją ir vėliau nusprendė steigti savo parapiją. 1928 m. buvo nupirkta presbiterininkų šventovė ir, pagal draugijos vardą, buvo pašventinta Šv. Jono Krikštytojo vardu. Tokiu būdu maždaug apie 500 asmenų turinti lietuvių bendruomenė įsigijo pastovią vietą savo veiklai.
Po Antrojo pasaulinio karo, kai Kanadą pasiekė nuo sovietinės Lietuvos okupacijos pabėgusiųjų antplūdis, tūkstančiai lietuvių suvažiavo į Torontą ir turimieji parapijos pastatai tapo per ankšti net ir įsisteigus antrajai katalikų parapijai bei lietuvių evangelikų parapijai Toronte. Tik neseniai pats į Kanadą atvykęs, jaunas ir energingas klebonas kun. Petras Ažubalis ėmėsi atnaujinti ir padidinti esamuosius parapijos pastatus. Šalia klebonijos, kurios rūsyje darbavosi “Tėviškės žiburių” laikraščio redakcijos bei administracijos žmonės ir spaustuvininkai su linotipais, jis pastatė šiam laikraščiui naują pastatą. Jis taipgi įsteigė lietuvių centrą paežerėje vasarotojams prie Wasaga Beach miestelio, kur daugelis lietuvių įsigijo žemės ir pasistatė savo vasarnamius.
Laikui bėgant, turimieji pastatai Toronte ir vėl tapo per ankšti, o automobiliams statyti apie šventovę vietos nebuvo. Dauguma lietuvių kėlėsi į Toronto vakarus ir atvažinėdavo į pamaldas iš toliau. Port Credit miestelyje (dabar Mississauga miesto dalyje) 1959 m. kun. Ažubalis nupirko dalį obelyno ir 1960 m. įsteigė Šv. Jono lietuvių kapines su būsima koplyčia. 1970 m. buvo įsigyta daugiau žemės šalia įsteigtųjų kapinių ir kilo mintis ten steigti lietuvišką centrą. Naujoje vietoje pirmieji pastatai buvo pastatyti 1972 m. pagal archit. Vaclovo Liačo projektą ir vietovė pavadinta “Anapiliu”, nes jungia gyvųjų ir anapus iškeliavusių lietuvių būstą. Ten 1974 m. iš Šv. Jono Krikštytojo šventovės pastatų persikėlė ir visa parapija su laikraščio įstaigomis. Buvo gautas iš Toronto arkivyskupijos leidimas naujai statomą šventovę pavadinti “Lietuvos kankinių” vardu. Ji buvo tuo vardu konsekruota 1978 m. ir yra pirmoji tokį vardą turinti šventovė visame pasaulyje.
