Vietovė žinoma nuo Vytauto laikų. Dvi garsiausios Alšėnuose šeimininkavusios ir daugiausia miestelį išgarsinusios giminės – tai Alšėniškiai ir Sapiegos. Nuo XIII a. Alšėnai buvo LDK dalinės kunigaikštijos Alšios (Galšios) centras. Nuo XIV a. pabaigos kunigaikštiją ir Alšėnus valdė Alšėnų kunigaikščių giminė. Giminės pradininkas Jonas Alšėniškis (Jonas Algimantaitis) pastatydino čia medinę pilį, prie jos pradėjo kurtis miestelis. XVI a. viduryje kunigaikščių Alšėniškių giminė išmirė (1555). Nuo XVI a. pirmos pusės daugiau nei 100 metų Alšėnai priklausė kitai ne mažiau garsiai ir įtakingai LDK didikų Sapiegų giminei. Didesnioji dalis Alšėnuose išlikusio istorinio ir architektūrinio paveldo sietina su Sapiegomis. Alšėnai 1525 m. vedybų keliu (kaip žmonos kraitis) atiteko Povilui Sapiegai ir Sapiegoms priklausė iki 1639 m. XVII a. antroje pusėje Alšėnų valda padalyta į dvi dalis, jas valdė įvairūs savininkai. Be pranciškonų vienuolyno ansamblio, Alšėnuose išliko XVI a. pabaigoje – XVII a. pradžioje statytos Sapiegų pilies griuvėsių.
Paliušytė Aistė, Vaišvilaitė Irena, Vadovas po Lietuvos Didžiąją Kunigaikštystę, Vilnius, Lietuvos kultūros tyrimų institutas, 2012
Vitkauskaitė Dalia, Vilniaus universiteto projektas „Magnus Ducatus Lithuaniae“, http://www.mdl.projektas.vu.lt/
