1,5 km į šiaurės rytus nuo Alšėnų yra XII a. – XIV a. baltų piliakalnis, kuriame, pasak legendos, kurią pateikia Bychovco kronika, Lietuvos kunigaikščio Romunto (Romano) sūnus ir Narimanto, Daumanto, Giedriaus ir Traidenio brolis Alšis (Holsza) prie Karobio upės, įkūrė miestą; atsikėlė iš ten, ėmė viešpatauti ir pasivadino Alšėnų kunigaikščiu.
Nuo XIII a. Alšėnai buvo Lietuvos Didžiosios Kunigaikštystės Alšios (Galšios) dalinės kunigaikštystės centras. Vietovė žinoma nuo Vytauto laikų kaip kunigaikščių Alšėniškių valda. Tuo metu ant piliakalnio stovėjo pilis (iki šių laikų neišliko). Jos pradininkas Jonas Alšėniškis apie 1390 m. savo valdose pastatė pilį, prie pilies įsikūrė miestelis. 1533 m. Povilas Alšėniškis, siekdamas Vilniaus vyskupo vietos, miestelį perleido arba Žygimantui Augustui, arba karalienei Bonai Sforcai (arba Žygimantui Augustui), o ši savo favoritei Elenai Dubovickai, kurios vyras buvo Naugarduko vaivada Povilas Ivanovičius Sapiega. Nuo 1558 m. Alšėnai buvo Sapiegų giminės valda — pirmasis ją valdė Bagdonas Sapiega. XVII a. antroje pusėje Alšėnų valda padalyta į dvi dalis, jas valdė įvairūs savininkai. XV a. pradžioje pastatyta pirmoji bažnyčia. XVI a. antroji pusėje Povilo Ivanovičiaus sūnus Bogdanas Sapiega ją atidavė reformatams, vėliau grąžinta katalikams. Būsimasis Lietuvos Didžiosios Kunigaikštystės pakancleris Povilas Steponas Sapiega 1618 m. Alšėnuose fundavo pranciškonų konventą ir pastatydino jiems mūrinę Šv. Jono Krikštytojo bažnyčią bei vienuolyną, kur jis buvo palaidotas. Be vienuolyno ansamblio, Alšėnuose išliko XVI a. pabaigoje — XVII a. pradžioje statytos Sapiegų pilies griuvėsiai.
Parengta pagal: VADOVAS po Lietuvos Didžiąją Kunigaikštystę“ sud. A. Paliušytė, I. Vaišvilaitė, (Vilnius: Lietuvos kultūros tyrimų institutas, 2012);
Petras Gaučas, Galšia. Visuotinė lietuvių enciklopedija, T. VI Fau-Goris (Vilnius: Mokslo ir enciklopedijų leidybos institutas, 2004), 369 psl.;
Alšėnai. Lietuviškoji tarybinė enciklopedija, I t., T.I: A-Bangis, (Vilnius: Mokslo ir enciklopedijų leidybos institutas, 1976), 170 psl.;
Lietuvos istorija: enciklopedinis žinynas, II tomas (L-Ž), sud. Eugenijus Manelis, Antanas Račis (Vilnius: Mokslo ir enciklopedijų leidybos centras, 2016).